Храм в честь одного из величайших русских воинов и государственных деятелей святого Александра Невского был открыт в тяжелые годы войны – 17 июля 1943 года.
Единственному на территории Хабаровского края храму передали из Хабаровского краеведческого музея иконы, облачения из парчи и бархата, а из Хабаровской краевой научной библиотеки – богослужебные книги и богословскую литературу.
В период с 1965 по 1966 годы на территории прихода было построено новое деревянное здание церкви. В августе 1982 года это здание сильно пострадало: остались фундамент и обгоревшие стены. Во время пожара прихожане храма обрели одну из своих святынь – чудесно уцелевшую икону небесного покровителя храма – святого Александра Невского. К празднику Пасхи 1984 года здание храма было полностью восстановлено.
Важным событием для церкви стала торжественным передача храму Казанской иконы Божией Матери. В 20-е годы 20-го века эта икона была привезена верующими на Дальний Восток из города Владимира. В 1998 году внуками этих верующих она по завещанию была передана в храм. При реставрации специалисты высказали мнение, что икона относится к 18-му веку.
История появления православного закутка в дальневосточной столице весьма насыщенна и интересна. Всего у храма было 11 настоятелей. Первым настоятелем стал священник Даниил Ефимович Фурман, а после его ухода в 1944 году на должность благочинного русских православных церквей Хабаровского края был назначен священник Иван Федорович Дувалкин. Служили в церкви иеромонах Серафим (Протопопов Тихон Митрофанович), монах Воронежского монастыря, отбывавший наказание на Дальнем Востоке. А 22 мая 1947 года настоятелем храма стал священник Александр Федорович Зинченко, но после первого пожара в январе 1948 года настоятелем назначили священника Киндюшенко.
За всю свою историю храм горел три раза: в 1940-х, в 1980-х, и весной 2014 года деревянное строение было полностью уничтожено огнем.
Но к сентябрю 2021 года храм снова восстановлен и освящен.